1.办公室:负责综合文稿起草、大型会务保障工作；负责综合协调、文件档案、保密机要、平安建设、安全生产、消防、市域社会治理、国家安全、公务接待、节能、财务、后勤保障、年鉴、史志、省科协年度考核等工作；负责党政联席会、全委会组织实施及督促落实等工作；完成领导交办的其他工作。

2.普及工作部：履行南昌市全民科学素质工作领导小组办公室职责；负责公民科学素质调查评估督导和迎检、“科普和科学素质建设”考核迎检；负责组织开展各类科普宣传活动；负责科普队伍、科普阵地、科普信息化建设；指导科协组织开展科普工作；完成领导交办的其他工作。

3.宣传调研部：负责意识形态、宣传报道、宣传阵地建设管理、党组理论学习中心组学习研讨的组织等工作；负责开展全国科技工作者日活动和“最美科技工作者”学习宣传活动；负责课题调研、深化改革、文明城市创建、文明单位创建、党政信息报送、依法治市、普法等工作；完成领导交办的其他工作。

4.学会工作部：负责市级所属学会的管理、指导、宣传、党建等工作,培育重点产业学会组织；支持市级学会开展学术交流、科学普及、科技咨询、成果转化等业务工作；指导国家级和省级学会科技服务站建设；负责“科创中国”工作；完成领导交办的其他工作。

5.创新发展部：承担全市科协系统服务创新驱动发展工作；负责推进并指导企业科协组织建设、管理等工作；负责市委人才办有关人才项目的组织实施；负责发展与国（境）外科技团体和科技工作者的友好往来；完成领导交办的其他工作。

6.机关党总支（组织人事部）：负责机关及所属事业单位的党群、纪检、机构编制、人事管理、干部考核、学习调训、双拥、乡村振兴、军民融合、健康南昌、疫情防控等工作；负责市科协党校领导小组办公室工作；负责党组会、常委会的组织实施及督促落实等工作；负责离退休干部服务管理工作；完成领导交办的其他工作。